Datenanalyse in der Biologie

Vorlesung “Datenanalyse in der Biologie”

Studiengang Lebenswissenschaften, Wintersemester 2023/24

Simon Anders BioQuant, Universität Heidelberg

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1. Vorlesung (2023-10-17)

2. Vorlesung (2023-10-19)

  • Skript: Erste Schritte mit R (Teil 2)

    • Variablen
    • Datentypen (Zahlen, Strings, Booleans)
    • Vektoren
    • Summarizing functions
    • (Data frames) [kommt nächstes Mal]

  • Video-Aufzeichnung

  • Hausaufgaben:

    • Bitte versuchen Sie sich an dem “Aufgaben”-Block in der Mitte des Skripts; der “Hausaufgaben”-Block ganz am Ende ist für nächstes Mal.

3. Vorlesung (2023-10-24)

  • Tabellen (aus vorigem Skript)

  • Skript: Tidyverse und NHANES

    • Hintergrund zu R und Tidyverse
    • NHANES-Daten
    • Tidyverse-Verb “mutate”
    • Tidyverse-Verb “filter”
    • Beispiel: BMI

4. Vorlesung (2023-10-26)

5. Vorlesung (2023-10-31)

6. Vorlesung (2023-11-07)

  • Skript: Diskretisierung und anderes
    • Hausaufgabe aus der 5. Vorlesung
    • zur Erinnerung: Standardfehler des Mittelwerts, t-Test
    • Fehlerbalken in Plots
    • t-Test mit R
    • Diskretisierung durch Binning
    • Säulendiagramme
  • Skript: Table Joining
    • Erstellung der “nhanes”-Tabelle aus den Tabellen DEMO_J und BMX_J
    • Tidyverse-Verb select
    • Tidyverse-Verb left_join
    • Hausaufgaben
  • Video-Aufzeichnung

7. Vorlesung (2023-11-09)

  • Skript: Experimente mit dem Zufall
    • Pseudo-Zufallszahlen
    • random seed
    • Die Kreiszahl Pi wird statistisch geschätzt
    • Definition von Funktionen
    • Simulation von Zufallsexperimenten
    • Beispiel einer Stichproben-Verteilung
    • Genauigkeit von Messwerten
  • Video-Aufzeichnung

8. Vorlesung (2023-11-14)

  • Video-Aufzeichnung

  • Inhalt:

    • Quarto-Notebooks
      • Erklärung siehe Video
      • Code für “Stand-Alone”-Notebooks, siehe hier
    • Besprechung der Hausaufgabe aus der 6. Vorlesung
      • Lösungen wurden dort ins Skript eingefügt

9. Vorlesung (2023-11-16)

10. Vorlesung (2023-11-21)

11. Vorlesung (2023-11-23)

12. Vorlesung (2023-11-28)

13. Vorlesung (2023-11-30)

14. Vorlesung (2023-12-05)

Übung statt Vorlesung (2023-12-07)

Am 7.12. bin ich verreist, daher wird statt der Vorlesung ein Übungsstunde mit den Tutoren bearbeitet wird. Das Übungsblatt hierfür ist noch nicht fertig.

15. Vorlesung (2023-12-10)

Übungen (2023-12-14, 2023-12-19 und 2024-01-09)

16. Vorlesung (2024-01-11)

17. Vorlesung (2024-01-16)

18. Vorlesung (2024-01-16)

Übung (2024-01-23)

  • Aufgaben
  • Machen Sie sich am Wochenende mit den Aufgaben vetraut und versuchen Sie sie als Hausaufgabe schon mal selbst. Es ist eine lange Aufgabe; schauen Sie also einfach, wie weit Sie kommen.
  • In der Übung am Dienstag werden die Tutoren die Aufgabe mit Ihnen besprechen.
  • Laden Sie dann bis Donnerstag (25.1.) Ihre Lösung (zumindest für einen Teil der Aufgaben) auf Moodle hoch.

19. Vorlesung (2024-01-25)

20. Vorlesung (2024-01-30)

Übung (2024-02-01)

21. Vorlesung (2024-02-06)

22. Vorlesung (2024-02-08)